或许是因为山城大木这个老师过于出色的缘故，大蛇丸没有再在猿飞日斩的手底下当学生。此时的他早已是木叶的上忍，前几天还受到了团藏的邀请，加入了“根”组织。
他自然是知道团藏的野心，所以刚开始就指明了自己会帮助他争夺火影之位，但有一个条件，那就是团藏必须支持他所做的一切实验。
团藏起初是不答应的，他堂堂木叶村高层，招你进“根”是看得起你，还敢跟我讲条件？
但当大蛇丸把盛着培育好的“柱间细胞”器皿端到他面前时，团藏动摇了。
只要有了柱间细胞，那么一切皆有可能！
只是不知道大蛇丸到底从哪里搞到的，无论怎么问他他都不会透露半个字，当然这也不是特别重要就是了。
“根”的地下基地腾出了一个房间作为大蛇丸的研究室，除了他和团藏，没有任何人可以进去。
就这样，大蛇丸成为了团藏的“助理”，甚至在时间线上比原著里和团藏合作还要早一些。
因为没有执教过大蛇丸，所以猿飞日斩和大蛇丸目前的交情很浅很浅，所以自然也没有什么可以让三代目忌惮的美好回忆什么的。
“没想到连大蛇丸你也受了团藏的蛊惑，我本以为你是村子的栋梁之才。”
三代目冷声道，右手偷偷地在桌子下面摸索着什么。
“栋梁之才这东西我根本不在乎，我只知道因为你们的战争，我的父母全都死在了战场上。”
大蛇丸阴恻恻道，将苍白的面孔凑近三代火影。
“村子有难，你的父母也是为了保护村子，保护你。”
三代目堂皇解释，然而大蛇丸根本不吃他这一套。
“那你怎么没死？”大蛇丸冷声道，“你保护了谁？他们不都死了吗？”
“战争，死伤再所难免。”