一九零六年因涉嫌敲诈及私通巨匪范高头，被驱逐出租界。他逃往苏州，捐一候补知县，并被袁世凯之族弟袁干卿委任为督练公⛉😧所科长，后又打算让他当印刷局提调，引起舆论哗然。在汪钟霖为首的士绅的抗议与控诉下，应桂馨遭到通缉而逃走，藏匿于老家鄞县。
在声名狼藉的另一面，应桂馨还一直暗中支持反清革命。他在一四🇧🚼年任皖南捕营管带时曾抓获革命党人龚照，反而被其感化，决定弃官投身革命事业，多次秘密接济革命党人。
辛亥革命时参与上海光复，被沪军都督陈其美委任为谍报科长，🎂🎐孙中山来沪时负🝖责照料，并护送孙中山至南京就任临时大总统。孙中山任命应桂馨为总统府卫队司令，后兼庶务长。应桂馨“办菜每席开支银五元，后减至一元，菜与五元相等”，被总统府发觉后即遭斥革。
一九一二年七月一日，应桂馨纠合青帮、红帮等江湖势力，成立了中华国民共进会，自任会长。然该会成立后到处闹事，🅉危害社会治安。尤其是在一九一二年九月制造了湖北马队兵变，被黎元洪镇📀压后查明应桂馨为主使，于是严加通缉。
不久后，内务部秘书洪述祖以调查水上警察事宜为名来上海，实际上🕷🎏带着袁世凯招安共进会的秘密使命，与应桂馨建立联系与交情。洪述祖不仅向江苏都督程德全举荐应桂馨出任江苏驻沪巡查长，还说服黎元洪取消了🛫🟒对应桂馨的通缉。
十二月应桂馨受洪述祖之邀♶🌺北上北京，谒见大总统袁世凯与国务总理赵秉钧。期间曾请求任命他为“中央特☞🀝♝派驻沪巡查总长”，管辖自川、🌪🁷豫以至闽、广等地的会党势力，被赵秉钧拒绝，
当时，洪述祖欲阻止国民党组建政党内阁，在袁世凯的支持下密电联络应桂馨，要求他搜集关于国民党领袖孙中山、黄兴、宋教仁的黑材料。🈱🂆应桂馨谎称他已得知日本有“孙黄宋劣史”、“黄与下女合像”、“宋犯骗案刑事提票”等物证，向政府索要30万来购买。袁世凯对“宋犯骗案刑事提🌛⛜票”颇感兴趣，欲知其详情并托洪述祖要求应桂馨先提供原件或影印件，但应桂馨始终无法交出。
一个常见的说法是，洪述🂼🔉祖知道妖魔化国民党要人的方法行不通后，便于三月六日密电应桂馨，暗示他对宋教仁“乘机下手”。十🏾☆三日更以“毁宋酬勋位”为诱饵，嗾使应桂馨杀害宋教仁。应桂馨欲以低价收购国债作为报酬，洪述祖则回应“债票特别准”。
应桂馨得到承诺后，收买凶手武士英，于一九一三年三月二十日制造了宋教仁案。三月二十四日，应桂馨在迎春坊妓女李桂玉家中被英捕房逮捕。在审判期间百般抵赖，🅹🙿至七月🞿二次革命爆发之际，他趁乱越狱，藏身青岛德国租界。
据称，二次革命遭镇压、袁世凯就任正式大总统后，应桂馨致电政府，称自己杀“贼”有功，请求平冤昭雪。袁世凯🁙政府并无反应，他便亲自入京邀赏。在北京期间，每晚在八大胡同纵情声色。
一九一🏝四年一月十七日，应桂馨在嫖娼并吸大烟时遇到军警查拿。军警不知他为应桂馨，他却高声对军警说“我📈乃民国首功，又杀宋教仁之功首，现🀵🁈在政府将予我上将，并酬勋位及国库证券百万，今我逸兴遄发，乐此以消永夕，于汝何事？”遂将军警轰走。
两天后的一月十九日💱🕦下午，应桂馨就在津京快车上遇刺身亡，主使者一般认为是🝖袁世凯。
对于涉及到🚳自己的电报☴🃤🙱，赵秉钧辩称“程都督、应民政长宣布宋案证据，其涉及秉钧者，惟手书两件，然一为发给密码，一为请领津贴，🖇🐝🀱均属因公”。
宋教仁案的另一个🃟重要嫌犯是国府🔜🁛🆣的内务部秘书洪述祖。
洪述祖，原🚳名洪熙，字荫之，号观川居士🁹，出生于江苏常州一个名门望族之家。他的先祖是清代赫赫有名的大文豪洪亮吉。其名述祖，有继先祖功业之意。不过，洪述祖一生行迹与乃祖之行，南辕北辙。
洪述祖九个月大时，太平军攻陷常州，其父洪彦先死于巷战，家属十七人🖛📑🚆投河。🝖唯洪述祖与其🏒🙡母张氏被人所救。后依靠叔父洪彦哲生活，并在其门下受学。
光绪四年（1🝀878年）考取秀才，但其后八年间屡试不第，于是以游幕为生。先后佐理江西学政陈宝琛、江西巡抚潘霨、钦差大臣督办福建军务左宗棠和台湾巡抚🐨🏞刘铭传之😑幕府。